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高性能 PyTorch 训练:性能瓶颈的调查与分析

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PyTorch

 

在 2014 年之前,神经网络与深度学习还没有大规模地应用于工业界。研究者们开发了一些基本而有效的工具包,来搭建神经网络。其中的代表就是 Caffe、Torch 和 Theano。由于当时的研究主流方向是卷积神经网络 (CNN) 在计算机视觉 (CV) 中的应用,所以这些框架主要关注的是 layers。这种设计完全可以满足研究者们拼接不同卷积层、了解不同神经网络结构效果的目的。

 

而在之后,随着循环神经网络 (RNN) 和自然语言处理 (NLP) 的兴起,以 layers 为“first class citizen”的工具包们就开始力不从心了。而工业界也开始对模型构建、训练以及部署的效率提出了新的要求。随着以 Google、Microsoft、Facebook、Amazon 等巨头的加入,以数据流 (Data Flow) 为中心的体系被提出,TensorFlow、CNTK、MXNet、PyTorch 等新一代的深度学习框架应运而生。

 

PyTorch 是一个基于 Torch 库的开源机器学习库,用于计算机视觉和自然语言处理等应用,主要由 Facebook 的人工智能研究实验室 (FAIR) 开发。它是在修改后的 BSD 2.0 许可协议下发布的免费开源软件。

 

正如同它名字的前缀一般,PyTorch 主要采用 Python 语言接口。与 TensorFlow 1.x 相比,PyTorch 的编写方式更简单自然,API 更 pythonic,对 debug 也更加友好。因此,PyTorch 在学术界赢得了更多的拥趸,近年来顶级会议中,PyTorch 的代码提交量遥遥领先于第二名的 TensorFlow (Keras)。而在工业界,PyTorch 后来居上,已经逐渐和 TensorFlow 分庭抗礼。

 

很多学术界最新的成果都是以 PyTorch 构建的,并被作者开源在了 GitHub。但也有很多声音表示 PyTorch 在训练中比 TensorFlow 更慢。

 

高性能 PyTorch 的训练流程是什幺样的?是产生最高准确率的模型?是最快的运行速度?是易于理解和扩展?还是容易并行化?

 

答案是,上述所有。

 

结合我自己给 PyTorch 提速的经历,本文将给出一些提升 PyTorch 性能的方向。当然,作为本文的读者,您需要对 Linux 操作系统和 PyTorch 足够熟悉。

 

了解瓶颈所在

 

首先,当感受到训练缓慢时,我们应当检查系统的状态来得知代码的性能被哪些因素限制了。计算,是一个由应用程序(代码)、存储设备(硬盘、内存)、运算设备(CPU、GPU)共同参与的过程,有着非常明显的木桶效应,即其中任意一个环节都有可能成为性能瓶颈的来源。

 

工具

 

此时,熟悉一些运维工具可以有效地帮助你了解当前整个计算机以及各个硬件设备的工作状态。只有将性能瓶颈定位到 CPU、GPU、I/O 或是代码中,才能开始解决问题。

 

htop

 

htop 是一个跨平台的交互式流程查看器。

 

htop 允许垂直和水平滚动进程列表,以查看它们的完整命令行以及内存和CPU消耗等相关信息。显示的信息可以通过图形设置进行配置,并且可以交互地进行排序和过滤。与进程相关的任务(例如终止和更新)可以在不输入其 PID 的情况下完成。

 

 

从 htop 顶部的信息集合中,可以监视 CPU 和内存的使用情况。

 

一个好的高性能程序,应当尽可能多地进行异步运算,来充分发挥多核 CPU 的能力。同时,尽量多地使用内存,能够大大提高数据的交流效率。当然,这并不意味着你可以把所有的 CPU 和内存资源耗尽,这将使系统不能够正常调度资源,反而拖累计算。

 

在所有的 Linux 发行版中,你都可以直接从软件仓库中安装 htop ,例如:

 

$ sudo apt install htop # Ubuntu/Debian
 
$ sudo yum install htop # RHEL/CentOS
 
$ sudo zypper install htop # openSUSE
 
$ sudo pacman -Syyu htop # Archlinux/Manjaro

 

iotop 和 iostat

 

iotop 是用来监视每个命令所占用的 I/O 情况的命令行应用程序。

 

 

iostat 则是属于 sysstat 工具包中的一个组件,可以监视外部存储设备(硬盘)当前的 I/O 情况。

 

 

安装命令分别为:

 

$ sudo apt install iotop 
 
$ sudo apt install syssat

 

需要注意的是,因为涉及到 I/O 情况的监视,所以以上两款程序均需要 root 权限才能正常运行。

 

nvidia-smi

 

NVIDIA System Management Interface 是基于 NVIDIA Management Library (NVML) 的命令行应用程序,旨在帮助管理和监视 NVIDIA GPU 设备。

 

 

一般来说,GPU 的流处理器使用率越高,就说明 GPU 是在以更高的效率运转的。设备的当前功率也能从侧面反映这个问题。换言之,如果你发现你的流处理器利用率低于 50%,则说明模型没能很好地利用 GPU 的并行能力。

 

在通过 sh 脚本安装 NVIDIA GPU 驱动后, nvidia-smi 会被自动安装。如果是从发行版的仓库中安装的驱动,可以尝试在软件源中搜索安装  nvidia-smi

 

nvtop

 

nvtop 代表 NVIDIA top,由开发者  Maxime Schmitt 发布于 GitHub,是一款用于观察和记录 NVIDIA GPU 使用情况的 (h)top 任务监视器。你会发现  nvtop 有着与  htop 非常相似的 UI。

 

它可以用于 GPU,并以曲线图的形式输出在一段时间内 GPU 流处理器和显存使用情况的变化。

 

相比于 nvidia-sminvtop 会关注到更关键的设备信息,并给出其在时间序列上的变化情况。

 

 

你可以参考 Syllo/nvtop 中的描述自行编译安装  nvtop

 

py-spy

 

py-spy 是一个针对 Python 程序的采样分析器。

 

它使您可以直观地看到 Python 程序正在花费时间,而无需重新启动程序或以任何方式修改代码。 py-spy 的开销非常低:为了提高速度,它是用 Rust 编写的,并且不会在所分析的 Python 程序相同的进程中运行。这意味着对生产 Python 代码使用  py-spy 是安全的。

 

py-spy 可以生成如下的 SVG 图像,来帮助你统计每一个 package、model 甚至每一个 function 在运行时所耗费的时间。

 

 

py-spy 同样能够以  top 的方式实时显示 Python 程序中哪些函数花费的时间最多。

 

只需要在 pypi 中安装即可:

 

$ pip install py-spy

 

问题分析与解决思路

 

有了以上工具所收集的信息,我们就可以开始分析限制程序性能发挥的原因了。

 

PyTorch Workflow

 

而首先,我们要了解 PyTorch 的工作流程。

 

因为 PyTorch 使用 Python 接口,同时在底层调用了相当多的 C 库,所以在使用 PyTorch 时,很多细节对用户是不暴露的。实际上,在常见的训练过程中,用户和 PyTorch 一起,大致完成了以下的步骤:

 

nn.Module
Dataloader

 

其中,主训练循环决定了网络经过多少次完整的数据集,即我们常说的 epoch:

 

 

Dataloader

    1.  中提取当前 batch 的数据。一般

Dataloader

    1.  中只记录了数据的 index 信息,所以每次训练循环时,对应的数据都会从硬盘被读取到内存,然后再从内存放入显存中,交由 GPU 进行后续步骤。

 

    1. 数据经过模型。

 

    1. 将得到的输出送到 Loss Function 中计算损失,随后进行 backward 求导。

 

    1. Optimizer 执行梯度下降,更新参数。

 

 

一般来说,PyTorch 训练的过程的快慢决定于主训练循环。主循环中的每一步都将被执行上万次乃至几十万次,任何的效率提升都能够带来极大的收益。

 

CPU 瓶颈

 

CPU 和 GPU 的计算特点,决定了它们不同的功用:CPU 具有更高的主频和精度,适合于进行串行任务;GPU 拥有几千到上万个 Stream 核心,可以进行大规模的并行任务。

 

所以,对于数据增强等没有相互依赖的任务交给 CPU 来进行,很大程度上会拖慢训练的进程。在每次的数据导入时,都会产生一定时间的等待。这是一种非常普遍的 CPU 瓶颈,即将不适合 CPU 的任务交给它来处理。

 

GPU 瓶颈

 

如果你熟悉梯度下降 (Gradient Descent) 的原理,那幺你一定能够理解 batch size 对训练速度的影响。梯度下降将一个 batch 中的平均梯度作为总体梯度方向的近似,进行一次参数更新。Batch size 越大,那幺 GPU 内同时并行计算的数据也就越多,相应的训练速度会有很大的提升。

 

Batch size 的设定对最终的训练结果有一定的影响,但是在一定范围内的调整并不会产生非常大的扰动。

 

主流观点中,在不过分影响最终的模型性能的前提下,batch size 的选取以最大化利用显存和流处理器为佳。

 

I/O 瓶颈

 

I/O 瓶颈是最常见、最普遍的训练效率影响因素。

 

正如上文中所描述的,数据将会在硬盘、内存和显存中不断地转移和复制。不同存储设备的读写速度,可能有几个数量级上的差异。

 

出现 I/O 瓶颈的标志主要有:

 

 

    1. 系统 I/O 读写(尤其是硬盘读写)占用过高;

 

    1. 内存占用和 CPU 占用都普遍偏低;

 

    1. 显存占用较高的情况下,流处理器的利用率过低。

 

 

将数据预读入内存中、异步进行数据加载都是有效的解决方案。一个简单稳定的方式是直接使用 DALI 库。

 

NVIDIA Data Loading Library (DALI) 是一个可移植的开源库,用于解码和增强图像、视频和语音,以加速深度学习应用程序。DALI 通过重叠训练和预处理减少了延迟和训练时间,缓解了瓶颈。它为流行的深度学习框架中内置的数据加载器和数据迭代器提供了一个插件,便于集成或重定向到不同的框架。

 

用图像训练神经网络需要开发人员首先对这些图像进行归一化处理。此外,图像通常会被压缩以节省存储空间。因此,开发人员构建了多阶段数据处理流程,包括加载、解码、裁剪、调整大小和许多其他增强算子。这些目前在 CPU 上执行的数据处理流水线已经成为瓶颈,限制了整体吞吐量。

 

DALI 是内置数据加载器和数据迭代器的高性能替代品。开发人员现在可以在 GPU 上运行他们的数据处理工作。

 

参考链接

 

高性能 PyTorch 训练 (1):性能瓶颈的调查与分析

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