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高维数据降维及可视化工具t-SNE

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t-SNE(t-distributed stochastic neighbor embedding)是用于降维的一种机器学习算法,是由 Laurens van der Maaten 和 Geoffrey Hinton在08年提出来。此外,t-SNE 是一种非线性降维算法,非常适用于高维数据降维到2维或者3维,进行可视化。当我们想要对高维数据进行分类,又不清楚这个数据集有没有很好的可分性(即同类之间间隔小,异类之间间隔大),可以通过t-SNE投影到2维或者3维的空间中观察一下。如果在低维空间中具有可分性,则数据是可分的;如果在高维空间中不具有可分性,可能是数据不可分,也可能仅仅是因为不能投影到低维空间。t-SNE是由SNE(Stochastic Neighbor Embedding, SNE; Hinton and Roweis, 2002)发展而来。我们先介绍SNE的基本原理,之后再扩展到t-SNE。最后再看一下t-SNE的实现以及一些优化。

 

SNE

 

基本原理

 

SNE是通过仿射(affinitie)变换将数据点映射到概率分布上,主要包括两个步骤:

SNE构建一个高维对象之间的概率分布,使得相似的对象有更高的概率被选择,而不相似的对象有较低的概率被选择。
SNE在低维空间里在构建这些点的概率分布,使得这两个概率分布之间尽可能的相似。

我们看到t-SNE模型是非监督的降维,他跟kmeans等不同,他不能通过训练得到一些东西之后再用于其它数据(比如kmeans可以通过训练得到k个点,再用于其它数据集,而t-SNE只能单独的对数据做操作,也就是说他只有fit_transform,而没有fit操作)

 

SNE原理推导

 

SNE是先将欧几里得距离转换为条件概率来表达点与点之间的相似度。具体来说,给定一个N个高维的数据(注意N不是维度), t-SNE首先是计算概率,正比于和之间的相似度(这种概率是我们自主构建的),即:

 

 

这里的有一个参数是,对于不同的点取值不一样,后续会讨论如何设置。此外设置 ,因为我们关注的是两两之间的相似度。

 

那对于低维度下的,我们可以指定高斯分布为方差为 ,因此它们之间的相似度如下:

 

 

同样,设定 .

 

如果降维的效果比较好,局部特征保留完整,那幺, 因此我们优化两个分布之间的距离-KL散度(Kullback-Leibler divergences),那幺目标函数(cost function)如下:

 

 

这里的表示了给定点下,其他所有数据点的条件概率分布。需要注意的是KL散度具有不对称性,在低维映射中不同的距离对应的惩罚权重是不同的,具体来说:距离较远的两个点来表达距离较近的两个点会产生更大的cost,相反,用较近的两个点来表达较远的两个点产生的cost相对较小(注意:类似于回归容易受异常值影响,但效果相反)。即用较小的 来建模较大的 , ,同样用较大的 来建模较大的 ,, 因此,SNE会倾向于保留数据中的局部特征。

 

了解了基本思路之后,你会怎幺选择,固定初始化? 下面我们开始正式的推导SNE。首先不同的点具有不同的,的熵(entropy)会随着的增加而增加。SNE使用困惑度(perplexity)的概念,用二分搜索的方式来寻找一个最佳的。其中困惑度指: 。这里的 是的熵,即:

 

 

困惑度可以解释为一个点附近的有效近邻点个数。SNE对困惑度的调整比较有鲁棒性,通常选择5-50之间,给定之后,使用二分搜索的方式寻找合适的。

 

那幺核心问题是如何求解梯度了,目标函数等价于 这个式子与softmax非常的类似,我们知道softmax的目标函数是 ,对应的梯度是(注:这里的softmax中y表示label,p表示预估值)。 同样我们可以推导SNE的目标函数中的i在j下的条件概率情况的梯度是 , 同样j在i下的条件概率的梯度是 , 最后得到完整的梯度公式如下:

 

 

在初始化中,可以用较小的σ下的高斯分布来进行初始化。为了加速优化过程和避免陷入局部最优解,梯度中需要使用一个相对较大的动量(momentum)。即参数更新中除了当前的梯度,还要引入之前的梯度累加的指数衰减项,如下:

 

 

这里的 表示迭代t次的解,表示学习速率, 表示迭代t次的动量。

 

此外,在初始优化的阶段,每次迭代中可以引入一些高斯噪声,之后像模拟退火一样逐渐减小该噪声,可以用来避免陷入局部最优解。因此,SNE在选择高斯噪声,以及学习速率,什幺时候开始衰减,动量选择等等超参数上,需要跑多次优化才可以。

 

t-SNE

 

尽管SNE提供了很好的可视化方法,但是他很难优化,而且存在”crowding problem”(拥挤问题)。后续中,Hinton等人又提出了t-SNE的方法。与SNE不同,主要如下:

使用对称版的SNE,简化梯度公式
低维空间下,使用t分布替代高斯分布表达两点之间的相似度

t-SNE在低维空间下使用更重长尾分布的t分布来避免crowding问题和优化问题。在这里,首先介绍一下对称版的SNE,之后介绍crowding问题,之后再介绍t-SNE。

 

Symmetric SNE

 

优化和的KL散度的一种替换思路是,使用联合概率分布来替换条件概率分布,即P是高维空间里各个点的联合概率分布,Q是低维空间下的,目标函数为:

 

 

这里的,为0,我们将这种SNE称之为symmetric SNE(对称SNE),因为他假设了对于任意,因此概率分布可以改写为:

 

 

 

这种表达方式,使得整体简洁了很多。但是会引入异常值的问题。比如是异常值,那幺 会很大,对应的所有的,都会很小(之前是仅在下很小),导致低维映射下的对cost影响很小。为了解决这个问题,我们将联合概率分布定义修正为: ,这保证了 ,使得每个点对于cost都会有一定的贡献。对称SNE的最大优点是梯度计算变得简单了,如下:

 

 

实验中,发现对称SNE能够产生和SNE一样好的结果,有时甚至略好一点。

 

Crowding问题

 

拥挤问题就是说各个簇聚集在一起,无法区分。比如有一种情况,高维度数据在降维到10维下,可以有很好的表达,但是降维到两维后无法得到可信映射,比如降维如10维中有11个点之间两两等距离的,在二维下就无法得到可信的映射结果(最多3个点)。 进一步的说明,假设一个以数据点为中心,半径为r的m维球(三维空间就是球),其体积是按增长的,假设数据点是在m维球中均匀分布的,我们来看看其他数据点与的距离随维度增大而产生的变化。

 

 

从上图可以看到,随着维度的增大,大部分数据点都聚集在m维球的表面附近,与点的距离分布极不均衡。如果直接将这种距离关系保留到低维,就会出现拥挤问题。

 

Cook et al.(2007) 提出一种slight repulsion的方式,在基线概率分布(uniform background)中引入一个较小的混合因子,这样就永远不会小于 (因为一共了n(n-1)个pairs),这样在高维空间中比较远的两个点之间的总是会比大一点。这种称之为UNI-SNE,效果通常比标准的SNE要好。优化UNI-SNE的方法是先让为0,使用标准的SNE优化,之后用模拟退火的方法的时候,再慢慢增加. 直接优化UNI-SNE是不行的(即一开始不为0),因为距离较远的两个点基本是一样的(等于基线分布), 即使很大,一些距离变化很难在中产生作用。也就是说优化中刚开始距离较远的两个聚类点,后续就无法再把他们拉近了。

 

t-SNE

 

虽然Isomap,LLE和variants等数据降维和可视化方法,更适合展开单个连续的低维的manifold。但如果要准确的可视化样本间的相似度关系,如对于下图所示的S曲线(不同颜色的图像表示不同类别的数据),t-SNE表现更好。因为t-SNE主要是关注数据的局部结构。

 

 

通过原始空间和嵌入空间的联合概率的Kullback-Leibler(KL)散度来评估可视化效果的好坏,也就是说用有关KL散度的函数作为loss函数,然后通过梯度下降最小化loss函数,最终获得收敛结果。注意,该loss不是凸函数,即具有不同初始值的多次运行将收敛于KL散度函数的局部最小值中,以致获得不同的结果。因此,尝试不同的随机数种子(Python中可以通过设置seed来获得不同的随机分布)有时候是有用的,并选择具有最低KL散度值的结果。

 

对称SNE实际上在高维度下另外一种减轻“拥挤问题”的方法:在高维空间下,在高维空间下我们使用高斯分布将距离转换为概率分布,在低维空间下,我们使用更加偏重长尾分布的方式来将距离转换为概率分布,使得高维度下中低等的距离在映射后能够有一个较大的距离。

 

 

我们对比一下高斯分布和t分布(如上图,code见probability/distribution.md), t分布受异常值影响更小,拟合结果更为合理,较好的捕获了数据的整体特征。

 

使用了t分布之后的q变化,如下:

 

 

此外,t分布是无限多个高斯分布的叠加,计算上不是指数的,会方便很多。优化的梯度如下:

 

 

 

t-sne的有效性,也可以从上图中看到:横轴表示距离,纵轴表示相似度, 可以看到,对于较大相似度的点,t分布在低维空间中的距离需要稍小一点;而对于低相似度的点,t分布在低维空间中的距离需要更远。这恰好满足了我们的需求,即同一簇内的点(距离较近)聚合的更紧密,不同簇之间的点(距离较远)更加疏远。

 

总结一下,t-SNE的梯度更新有两大优势:

对于不相似的点,用一个较小的距离会产生较大的梯度来让这些点排斥开来。
这种排斥又不会无限大(梯度中分母),避免不相似的点距离太远。

算法过程

 

算法详细过程如下:

Data:
计算cost function的参数:困惑度Perp
优化参数: 设置迭代次数T, 学习速率, 动量

目标结果是低维数据表示

开始优化

计算在给定Perp下的条件概率(参见上面公式)

随机初始化Y
迭代,从 t = 1 到 T, 做如下操作:

计算低维度下的(参见上面的公式)
计算梯度(参见上面的公式)
更新

结束

结束

优化过程中可以尝试的两个trick:

提前压缩(early compression):开始初始化的时候,各个点要离得近一点。这样小的距离,方便各个聚类中心的移动。可以通过引入L2正则项(距离的平方和)来实现。
提前夸大(early exaggeration):在开始优化阶段,乘以一个大于1的数进行扩大,来避免因为太小导致优化太慢的问题。比如前50次迭代,$p_{ij}乘以4

优化的过程动态图如下:

 

 

不足

主要用于可视化,很难用于其他目的。比如测试集合降维,因为他没有显式的预估部分,不能在测试集合直接降维;比如降维到10维,因为t分布偏重长尾,1个自由度的t分布很难保存好局部特征,可能需要设置成更高的自由度。
t-SNE倾向于保存局部特征,对于本征维数(intrinsic dimensionality)本身就很高的数据集,是不可能完整的映射到2-3维的空间
t-SNE没有唯一最优解,且没有预估部分。如果想要做预估,可以考虑降维之后,再构建一个回归方程之类的模型去做。但是要注意,t-sne中距离本身是没有意义,都是概率分布问题。
t-SNE的计算复杂度很高,在数百万个样本数据集中可能需要几个小时,而PCA可以在几秒钟或几分钟内完成。很多基于树的算法在t-sne上做一些改进。
算法是随机的,具有不同种子的多次实验可以产生不同的结果。虽然选择loss最小的结果就行,但可能需要多次实验以选择超参数。
全局结构未明确保留。这个问题可以通过PCA初始化点(使用init =’pca’)来缓解。

SKLearn中的t-SNE sklearn.manifold.TSNE

 

class sklearn.manifold.TSNE(n_components=2, perplexity=30.0, early_exaggeration=12.0, learning_rate=200.0, n_iter=1000, n_iter_without_progress=300, min_grad_norm=1e-07, metric=’euclidean’, init=’random’, verbose=0, random_state=None, method=’barnes_hut’, angle=0.5)

 

t-SNE的主要目的是高维数据的可视化。因此,当数据嵌入二维或三维时,效果最好。有时候优化KL散度可能有点棘手。有五个参数可以控制t-SNE的优化,即会影响最后的可视化质量:

perplexity困惑度
early exaggeration factor前期放大系数
learning rate学习率
maximum number of iterations最大迭代次数
angle角度

参数说明:

n_components int, 默认为2,嵌入空间的维度(嵌入空间的意思就是结果空间)
perplexity float, 默认为30,数据集越大,需要参数值越大,建议值位5-50
early_exaggeration float, 默认为0,控制原始空间中的自然集群在嵌入式空间中的紧密程度以及它们之间的空间。 对于较大的值,嵌入式空间中自然群集之间的空间将更大。 再次,这个参数的选择不是很关键。 如果在初始优化期间成本函数增加,则可能是该参数值过高。
learning_rate float, default:200.0, 学习率,建议取值为0-1000.0
n_iter int, default:1000, 最大迭代次数
n_iter_without_progress int, default:300, 另一种形式的最大迭代次数,必须是50的倍数
min_grad_norm float, default:1e-7, 如果梯度低于该值,则停止算法
metric string or callable, 精确度的计量方式
init string or numpy array, default: ‘random’, 可以是’random’, ‘pca’或者一个numpy数组(shape=(n_samples, n_components)。
verbose int, default:0, 训练过程是否可视
random_state int, RandomState instance or None, default:None,控制随机数的生成
method string, default: ‘barnes_hut’, 对于大数据集用默认值,对于小数据集用’exact’
angle float, default:0.5, 只有method=’barnes_hut’时可用

属性:

embedding_ 嵌入向量
kl_divergence 最后的KL散度
n_iter_ 迭代的次数

方法:

fit 将X投影到一个嵌入空间
fit_transform 将X投影到一个嵌入空间并返回转换结果
get_params 获取t-SNE的参数
set_params 设置t-SNE的参数

注意事项:数据集在所有特征维度上的尺度应该相同。

 

为了可视化的目的(这是t-SNE的主要用处),强烈建议使用Barnes-Hut方法。method=”exact”时,传统的t-SNE方法尽管可以达到该算法的理论极限,效果更好,但受制于计算约束,只能对小数据集的可视化。

 

Barnes-Hut t-SNE主要是对传统t-SNE在速度上做了优化,是现在最流行的t-SNE方法,同时它与传统t-SNE还有一些不同:

Barnes-Hut仅在目标维度为3或更小时才起作用。以2D可视化为主。
Barnes-Hut仅适用于密集的输入数据。稀疏数据矩阵只能用特定的方法嵌入,或者可以通过投影近似,例如使用 decomposition.TruncatedSVD
Barnes-Hut是一个近似值。使用angle参数对近似进行控制,因此当参数method=”exact”时,TSNE()使用传统方法,此时angle参数不能使用。
Barnes-Hut可以处理更多的数据。 Barnes-Hut可用于嵌入数十万个数据点。

sklearn.manifold.TSNE使用示例

 

1、输入4个3维的数据,然后通过t-SNE降维称2维的数据

 

import numpy as np
from sklearn.manifold import TSNE
 
X = np.array([[0, 0, 0], [0, 1, 1], [1, 0, 1], [1, 1, 1]])
tsne = TSNE(n_components=2)
tsne.fit_transform(X)
print(tsne.embedding_)

 

2、S曲线的降维与可视化

 

from time import time
import matplotlib.pyplot as plt
from matplotlib.ticker import NullFormatter
from sklearn import manifold, datasets
from mpl_toolkits.mplot3d import Axes3D
 
# X是一个(1000, 3)的2维数据,color是一个(1000,)的1维数据
n_points = 1000
X, color = datasets.samples_generator.make_s_curve(n_points, random_state=0)
n_neighbors = 10
n_components = 2
 
# 创建了一个figure,标题为"Manifold Learning with 1000 points, 10 neighbors"
fig = plt.figure(figsize=(8, 8))
plt.suptitle("Manifold Learning with %i points, %i neighbors" % (1000, n_neighbors), fontsize=14)
 
'''绘制S曲线的3D图像'''
ax = fig.add_subplot(211, projection='3d')
ax.scatter(X[:, 0], X[:, 1], X[:, 2], c=color, cmap=plt.cm.Spectral)
ax.view_init(4, -72)  # 初始化视角
 
'''t-SNE'''
t0 = time()
tsne = manifold.TSNE(n_components=n_components, init='pca', random_state=0)
Y = tsne.fit_transform(X)  # 转换后的输出
t1 = time()
print("t-SNE: %.2g sec" % (t1 - t0))  # 算法用时
 
ax = fig.add_subplot(2, 1, 2)
plt.scatter(Y[:, 0], Y[:, 1], c=color, cmap=plt.cm.Spectral)
plt.title("t-SNE (%.2g sec)" % (t1 - t0))
ax.xaxis.set_major_formatter(NullFormatter())  # 设置标签显示格式为空
ax.yaxis.set_major_formatter(NullFormatter())
plt.show()

 

 

3、手写数字的降维可视化

 

t-SNE将8*8即64维的数据降维成2维,并在平面图中显示:

 

from time import time
import numpy as np
import matplotlib.pyplot as plt
from sklearn import datasets
from sklearn.manifold import TSNE
 
 
def get_data():
    digits = datasets.load_digits(n_class=10)
    data, label = digits.data, digits.target
    n_samples, n_features = data.shape
    return data, label, n_samples, n_features
 
 
def plot_embedding(data, label, title):
    x_min, x_max = np.min(data, 0), np.max(data, 0)
    data = (data - x_min) / (x_max - x_min)
 
    fig = plt.figure()
    ax = plt.subplot(111)
    for i in range(data.shape[0]):
        plt.text(data[i, 0], data[i, 1], str(label[i]),
                 color=plt.cm.Set1(label[i] / 10.),
                 fontdict={'weight': 'bold', 'size': 9})
    plt.xticks([])
    plt.yticks([])
    plt.title(title)
    plt.show()
 
 
if __name__ == '__main__':
    data, label, n_samples, n_features = get_data()
    print('Computing t-SNE embedding')
    tsne = TSNE(n_components=2, init='pca', random_state=0)
    t0 = time()
    result = tsne.fit_transform(data)
    plot_embedding(result, label, 't-SNE embedding of the digits (time %.2fs)' % (time() - t0))

 

 

参考链接:

http://www.datakit.cn/blog/2017/02/05/t_sne_full.html
https://scikit-learn.org/stable/modules/manifold.html#manifold
https://blog.csdn.net/hustqb/article/details/78144384

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